Die Biotopkartierung liefert eine Übersicht über Lage, Verbreitung, Häufigkeit und Zustand der wertvollen und erhaltenswerten Biotope in ganz Bayern. Die Lebensräume werden in verschiedene Biotoptypen eingeteilt, die sich in den vorkommenden Pflanzengemeinschaften und in der Entstehung unterscheiden. So gibt es natürlich entstandene Biotoptypen wie Hochmoore oder Felswände und solche, die sich aufgrund landwirtschaftlicher Nutzung (z.B. Hecken und Streuwiesen) oder als Folge von Rohstoffabbau (z.B. Kiesgruben) entwickelt haben.
Die Kartierung findet in ganz Bayern statt. Dabei gibt es gesonderte Kartierungen für den Alpenraum und die kreisfreien Städte.
Die Kartierer ermitteln die Biotope in der Landschaft mit Hilfe von Luftbildern. Die Grenzen der Biotopflächen werden in das Luftbild eingezeichnet und später in eine Flurkarte (Maßstab 1:5000) und eine Übersichtskarte (Maßstab 1:25000) übertragen. Für jedes Biotop wird ein Erhebungsbogen ausgefüllt - mit einer Liste der dort vorkommenden Biotoptypen, mit einer ausführlichen Beschreibung, einer Übersicht der vorgefundenen charakteristischen Pflanzenarten und gegebenenfalls dem Hinweis auf einen bereits vorhandenen gesetzlichen Schutz.
Zusammen mit der Artenschutzkartierung, die vor allem Tierarten erfaßt, schafft die Biotopkartierung eine wesentliche Arbeits- und Entscheidungsgrundlage für die Naturschutzbehörden, für Kommunen, aber auch für Planungsbüros und wissenschaftliche Institutionen.
Die Biotopkartierung hat weder die Aufgabe noch die rechtlichen Möglichkeiten, Flächen unter Schutz zu stellen oder Grundstückseigentümern bestimmte Bewirtschaftungsweisen vorzuschreiben. Hinweise in der Biotopkartierung zu Bewirtschaftung einer Fläche sind nur Empfehlungen.
Rechtliche Einschränkungen ergeben sich aus bestehenden Gesetzen (z.B. Bayerisches Naturschutzgesetz) und Schutzgebietsverordnungen - nicht aus der Biotopkartierung. Bei erschwerten Nutzungsbedingungen auf einer nach dem Bayerischen Naturschutzgesetz geschützten Fläche hat der Grundstückseigentümer die Möglichkeit, einen Erschwernisausgleich zu erhalten oder am Bayerischen Vertragsnaturschutzprogramm teilzunehmen.
Weitere Informationen darüber gibt es bei den Unteren Naturschutzbehörden an den Landratsämtern oder in den kreisfreien Städten. Hier kann die Biotopkartierung auch von jedermann eingesehen werden.