Ein Hauptaufgabengebiet der Naturschutzbehörden ist der Vollzug der Eingriffsregelung wie es die Artikel 6 und folgende des Bayerischen Naturschutzgesetzes vorsehen.

Unter einen Eingriff in Natur und Landschaft versteht man jegliche Veränderung der Gestalt oder Nutzung von Grundflächen, die die Leistungsfähigkeit des Naturhaushaltes oder das Landschaftsbild erheblich oder nachhaltig beeinträchtigen können.

Beispiele von Eingriffen sind: Straßen- und Wegebau, Ausweisung von Baugebieten, Errichtung von Einzelbauten wie Feldscheunen, Sendemasten, Windkraftanlagen, Werbetafeln oder Tiergehege, Teichbauten, Verbauungen von und an Gewässern, Erstaufforstungen und vieles mehr.

Dabei ist der Verursacher von Eingriffen verpflichtet, vermeidbare Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft zu unterlassen sowie unvermeidbare Beeinträchtigugen innerhalb einer bestimmten Frist durch Maßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege auszugleichen.

Ausgeglichen ist ein Eingriff, wenn nach seiner Beendigung keine erhebliche oder nachhaltige Beeinträchtigung des Naturhaushaltes zurückbleibt und das Landschaftsbild landschaftsgerecht wiederhergestellt oder neu gestaltet ist.