Gräben sind in der Regel künstlich angelegt, wie z. B. Be- und Entwässerungsgräben, Dränagegräben oder Straßengräben. Grabenfräsen sind alle Geräte, die mittels eines rotierenden Fräskopfes Gräben räumen, das Räumgut zerkleinern und den Lebewesen kaum Chancen zur Flucht lassen.

In wasserführenden Gräben ist der Einsatz der Grabenfräse nicht zulässig (Art. 6d BayNatSchG).

Die Gräben sind wasserführend, wenn sie überwiegend und nicht nur zeitweise Wasser führen bzw. überwiegend feuchtnaß sind und deshalb ein ganz spezielles, dem aquatischen Bereich angepaßtes Pflanzen- und Tiervorkommen aufweisen. Eine Wasserführung, die nur vorübergehend durch Regenfälle verursacht wird, macht den Graben nicht zum wasserführenden Graben. Andererseits geht die Eigenschaft als wasserführender Graben nicht durch vorübergehendes Trockenfallen verloren.

In nicht wasserführenden Gräben ist der Einsatz der Fräse der Naturschutzbehörde mindestens einen Monat vor deren Einsatz anzuzeigen.

Dazu sollte das von der Naturschutzbehörde erarbeitete Formblatt "Einsatz von Grabenfräsen" verwendet werden und ein Lageplan im Maßstab 1:25.000 (Topografische Karte) mit beigelegt werden. So kann die Naturschutzbehörde in Zweifelsfällen entscheiden, ob ein Graben als wasserführend zu bezeichnen ist und demzufolge die Grabenfräsung nicht erfolgen darf oder ob im Ausnahmefall eine Grabenfräsung auf Antrag zugelassen werden kann.